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       超級增強子(Super-enhancer,SE)是基因組中大量增強子富集的轉錄調控區域,能夠大幅度地激活基因的表達,且具有較高的組織特異性,在發育、腫瘤等過程中均扮演著重要的角色……



哈工大張巖教授:超級增強子數據庫SEAv.3.0

哈爾濱工業大學生命科學與技術學院張巖教授課題組近期發表了題為“SEA version 3.0:a comprehensive extension and update of the Super-Enhancer”的文章,開發了最新版本的超級增強子數據庫SEAv.3.0(http://sea.edbc.org),集超級增強子查詢,下載,可視化,分析于一體的綜合平臺,提供標準查詢、基因組瀏覽器、個性化分析工具和SEs數據下載…… 詳細全文




超級增強子(Super-enhancer,SE)是基因組中大量增強子富集的轉錄調控區域,能夠大幅度地激活基因的表達,且具有較高的組織特異性,在發育、腫瘤等過程中均扮演著重要的角色。

哈爾濱工業大學生命科學與技術學院張巖教授課題組近期發表了題為“SEA version 3.0:a comprehensive extension and update of the Super-Enhancer”的文章,開發了最新版本的超級增強子數據庫SEAv.3.0http://sea.edbc.org),集超級增強子查詢,下載,可視化,分析于一體的綜合平臺,提供標準查詢、基因組瀏覽器、個性化分析工具和SEs數據下載。

這一成果公布在Nucleic Acids Research上,文章通訊作者為張巖教授,第一作者為陳傳庚、周殿雙。


數據庫存儲了11個物種164,545個超級增強子(人,小鼠,果蠅,線蟲,斑馬魚,雞,黑猩猩,恒河猴,綿羊,非洲爪蟾和棘背魚)以及3,361,785個典型增強子。同時提供超級增強子區域的染色質相互作用、SNPs、轉錄因子結合位點和SpCas9靶位點的信息。

嵌入基于香農熵的工具用于評估SEs細胞類型的特異性。研究人員通過SEA v.3.0的基因組瀏覽器,可實現基于Hi-C數據的SEs空間交互可視化以及SEs相關基因的在線功能富集分析。

張巖教授指出:“超級增強子作為細胞識別基因的重要調控子,其調控機制的深入解析將有助于揭示干細胞多能性、定向分化和癌癥重要的調控子。對于具體癌癥類型中的超級增強子的識別和深入分析將為個體醫療提供重要的靶標。SEA v. 3.0提供了跨多個物種的所有可用SE信息的全面數據庫,并將促進超級增強子的研究,特別是與發育和疾病相關的研究!

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作者簡介:
張巖教授


圖片來源:張巖教授

哈爾濱醫科大學生物信息科學與技術學院的“計算表觀遺傳學課題組”由日本留學歸國的張巖教授組建。張巖教授,1992年畢業于哈爾濱醫科大學,2003年畢業于日本新瀉大學,獲理學碩士學位,2006年于日本新瀉大學獲理學博士學位,同年被聘為哈爾濱醫科大學生物信息科學與技術學院的教授,幾年來一直從事生物信息學和計算表觀遺傳學領域的教學和科研工作。

張巖教授所帶領的計算表觀遺傳學課題組致力于表觀遺傳領域的高通量數據挖掘的算法和軟件開發,可視化網絡平臺及數據庫構建。隨著下一代測序技術的不斷發展,越來越多的表觀遺傳數據涌現出來,目前課題組正致力于整合不同的表觀遺傳修飾研究發育過程、腫瘤發生等等生物學過程中的表觀遺傳調控機制,這些生物學過程中表觀遺傳標記的識別將對癌癥等復雜疾病的治療具有重要的作用。已經開發了差異甲基化區域篩選方法QDMR、人類組蛋白修飾數據庫HHMD、功能CpG島預測CpG_MI、識別乳腺癌超甲基化基因、全基因組甲基化位點預測及分析、發現組蛋白組合模式的方法、印記基因預測等軟件和數據庫平臺。2010年10月,張巖教授帶領課題組成員參加在浙江大學舉辦的第四屆全國生物信息學與系統生物學學術大會,并作題為“差異甲基化區域篩選方法”的大會報告,受到很大的關注,墻報展覽獲得優秀獎。

欲了解計算表觀遺傳學課題組更多信息,請查看: http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/gcer/



 

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