《Nature Biotechnology》:新型生物信息學工具使轉錄組形象化

【字體: 時間:2014年03月11日 來源:生物通

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  目前,日本RIKEN生命科學技術中心開發出一種免費可用的新型生物信息工具——ZENBU,可讓研究人員快速輕松地對大規模下一代測序實驗中產生的大量基因組信息,進行整合、形象化和比較分析。相關研究結果發表在2014年3月份的《Nature Biotechnology》雜志。

  

生物通報道:目前,日本RIKEN生命科學技術中心開發出一種免費可用的新型生物信息工具——ZENBU,可讓研究人員快速輕松地對大規模下一代測序實驗中產生的大量基因組信息,進行整合、形象化和比較分析。

下一代測序(Next-generation sequencing)技術已經徹底改變了功能基因組學,例如轉錄組測序RNA-seq、染色質免疫共沉淀測序ChIP-seq和CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)這些解決方案,正被世界各地的研究人員廣泛使用,例如利用RNA-seq研究非模式生物。這些方法的力量在于,它們使轉錄組和轉錄因子結合位點的全基因組發現成為可能,這是理解健康和患病人群細胞功能的分子機制以及癌癥之類疾病發展的關鍵。來自多項實驗的數據整合,是結果分析的一個重要方面,但是,產生的越來越多的數據集,使分析結果的全面比較和分析變得十分繁瑣。

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在2014年3月份的《Nature Biotechnology》雜志上發表的一項研究中,Jessica Severin及其同事描述了ZENBU的開發,這種工具能夠將基因組瀏覽器與數據分析和一個被鏈接的表達視圖結合起來,以便于大量下一代測序數據集結果的交互式可視化和比較分析。ZENBU與以前可用工具的關鍵區別在于,它能夠通過關聯的基因組定位和表達信號視圖,在一個交互式可視化環境中,將成千上萬的實驗數據動態地結合起來。這使得科學家們能夠將他們自己的實驗數據,與當前存入系統的超過6000個ENCODE和FANTOM聯合數據集相比較,從而使他們能夠發現新奇有趣的生物學機制。該工具被設計用于整合上百萬個任何種類的實驗/數據集(RNA-seq、ChIP-seq或CAGE),因此它被命名為:ZENBU,在日文中表示“all”或“everything”的意思。

ZENBU在網上是免費自由獲取的,可用于個人實驗室安裝,所有的ZENBU網站都不斷地與共享數據相鏈接?梢詮囊韵戮W站訪問或下載該工具:http://fantom.gsc.riken.jp/zenbu/。

作者解釋道:“通過分配數據和服務器,我們鼓勵科學家們載入和共享他們已發布的數據,幫助建立一種全面性的資源,以進一步推動世界各地的研究工作和研究合作!保ㄉ锿ǎ和跤ⅲ

生物通推薦原文:
Hideya Kawaji, Carsten O Daub, Yoshihide Hayashizaki, the FANTOM consortium, Nicolas Bertin, and Alistair RR Forrest. Interactive visualization and analysis of large-scale NGS data-sets using ZENBU. Nature Biotechnology, March 2014 DOI: 10.1038/nbt.2840

 

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